Чапаев родился 28 января 1887 года в деревне Будайка, Чебоксарского уезда Казанской губернии, в семье небогатых крестьян. Отец Иван Степанович по национальности — эрзя, мать Екатерина Семёновна — русско-чувашского происхождения. Василий был шестым ребёнком в семье.
Некоторое время спустя, в поисках лучшей доли, семья Чапаевых переселилась в село Балаково Николаевского уезда Самарской губернии. Иван Степанович определил сына в местную церковноприходскую школу. В семье Чапаевых уже были священники, и родители хотели, чтобы и Василий стал священнослужителем, но жизнь распорядилась иначе.